Badan Pembina Harian (BPH), terdiri atas Ketua, Sekretaris, Bendahara dan Anggota, serta unsur lainnya yang ditentukan dalam rapat Badan Pembina Harian Universitas, terdiri atas:
a. Unsur pimpinan persyarikatan sebagai wakil persyarikatan,
b. Unsur tokoh persyarikatan yang berpengalaman dalam dunia Pendidikan tinggi,
c. Unsur tokoh masyarakat yang berpengalaman dalam dunia Pendidikan dan memahami Persyarikatan.
Tugas dan Wewenang Badan Pembina Harian meliputi:
(1) BPH bertugas:
a. Memberi arah dan pertimbangan kepada Rektor dalam pengelolaan Universitas.
b. Bersama Rektor dan Senat Universitas menyusun Statuta, Rencana Induk Pengembangan Universitas, dan Rencana Strategis Universitas.
c. Bersama Rektor menyusun Rencana Anggaran Pendapatan dan Belanja Tahunan.
d. Bersama Rektor melaksanakan internalisasi, integrasi dan pengembangan AIK.
e. Bersama Rektor melakukan usaha-usaha yang terencana dan terukur untuk menjamin keberlanjutan Universitas.
(2) BPH berwenang:
a. Mengangkat dan memberhentikan dosen dan tenaga kependidikan atas usul Rektor.
b. Melaksanakan pembinaan dan pengawasan penyelenggaraan Universitas.
c. Membuat laporan kepada Pimpinan Pusat Muhammadiyah.
(3) hal lain tentang keanggotaan BPH diatur sesuai dengan Pedoman Pimpinan Pusat tentang PTM.
